Accueil — Ressources
Crédit d’impôt recherche (CIR) et crédit d’impôt innovation (CII) : mode d’emploi 2026
Le CIR et le CII sont deux leviers fiscaux puissants pour financer vos travaux de recherche et vos projets innovants, mais ils obéissent à des règles distinctes que la loi de finances pour 2025 a sensiblement resserrées. Taux abaissés, assiette recentrée, frais de brevets exclus : les repères ont changé. Ce guide clair remet à plat les définitions, l’assiette des dépenses, les taux et plafonds applicables en 2026, et surtout les bonnes pratiques pour sécuriser votre crédit face à un contrôle. L’objectif : vous permettre de savoir si vous êtes concerné et d’éviter les pièges les plus courants.
1. Deux dispositifs, deux logiques à ne pas confondre
Le crédit d’impôt recherche (CIR) et le crédit d’impôt innovation (CII) sont souvent cités ensemble, mais ils ne récompensent pas la même chose. Le CIR finance l’effort de recherche et développement au sens strict. Le CII, lui, finance l’étape d’après : transformer un résultat de recherche en un produit nouveau prêt à être commercialisé. Le CII est d’ailleurs juridiquement une extension du CIR, réservée aux seules PME.
- Le CIR — ouvert à toutes les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel, quelle que soit leur taille, qui engagent des dépenses de recherche fondamentale, de recherche appliquée ou de développement expérimental.
- Le CII — réservé aux PME au sens européen (moins de 250 salariés, chiffre d’affaires inférieur à 50 millions d’euros ou bilan inférieur à 43 millions d’euros), pour les dépenses de conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux.
Une même entreprise peut mobiliser les deux dispositifs pour un même projet, à condition de ventiler proprement les dépenses : celles qui relèvent de la recherche vont au CIR, celles qui relèvent de la mise au point du produit nouveau vont au CII. Une dépense ne peut jamais être comptée deux fois.
2. Recherche ou innovation : où passe la frontière
C’est le point qui déclenche le plus de redressements. La qualification des travaux repose sur le référentiel international dit « manuel de Frascati », publié par l’OCDE, que l’administration française utilise comme grille de lecture.
Pour relever de la recherche et développement, vos travaux doivent viser à lever une incertitude scientifique ou technique que l’état de l’art ne permet pas de résoudre. Il faut démontrer un caractère de nouveauté, une démarche expérimentale et l’existence d’un verrou technologique réel. Autrement dit : si un ingénieur du métier savait déjà faire, ce n’est pas de la recherche.
L’innovation, éligible au CII, se situe en aval. Il ne s’agit plus de lever un verrou scientifique, mais de concevoir un prototype ou une installation pilote d’un produit qui se distingue nettement de ce qui existe sur le marché, par ses performances, son écoconception, son ergonomie ou ses fonctionnalités. Le produit doit être nouveau au regard du marché, pas seulement pour votre entreprise.
- Verrou scientifique — présent : CIR. Absent mais produit réellement nouveau sur le marché : CII.
- Simple amélioration commerciale — nouvelle couleur, nouvel emballage, adaptation à un client : ni CIR ni CII.
3. L’assiette des dépenses éligibles
L’assiette est le socle du calcul. Sa composition a été recentrée par la loi de finances pour 2025 (loi n° 2025-127 du 14 février 2025). Voici les postes retenus en 2026.
- Dépenses de personnel — rémunérations et charges sociales des chercheurs et techniciens de recherche directement affectés aux travaux. C’est en général le poste le plus lourd de l’assiette.
- Dotations aux amortissements — des immobilisations (matériels, équipements, locaux) créées ou acquises à l’état neuf et affectées directement à la recherche.
- Dépenses de fonctionnement — calculées en forfait, sans justificatif de détail : 75 % des dotations aux amortissements retenues, plus un pourcentage des dépenses de personnel. Ce dernier taux a été abaissé de 43 % à 40 % pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. En 2026, le forfait de fonctionnement sur les salaires est donc de 40 %.
- Sous-traitance agréée — dépenses confiées à des organismes de recherche publics ou à des prestataires privés agréés par le ministère de la Recherche, retenues dans des plafonds spécifiques.
- Frais de brevets — point de vigilance majeur : les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets, ainsi que leurs amortissements, ont été exclus de l’assiette du CIR par la loi de finances pour 2025. Les dépenses de veille technologique ont elles aussi été supprimées de l’assiette. Ne les intégrez plus à votre calcul 2026.
Autre suppression à connaître : le doublement d’assiette des rémunérations des « jeunes docteurs » (le mécanisme qui permettait de compter double, pendant 24 mois, le salaire d’un docteur nouvellement recruté) a été supprimé par la loi de finances pour 2025 et n’a pas été rétabli pour 2026. Enfin, l’assiette doit être diminuée des subventions publiques et des aides remboursables reçues pour les mêmes travaux, pour éviter un double financement.
4. Les taux et plafonds applicables en 2026
Le CIR n’est pas plafonné en volume de dépenses : le seuil de 100 millions d’euros ne fait que changer le taux applicable. Le CII, lui, est plafonné à 400 000 euros de dépenses par an. Des taux majorés s’appliquent outre-mer et, pour le CII, en Corse.
| Dispositif | Bénéficiaires | Taux 2026 (métropole) | Taux outre-mer | Plafond de dépenses |
|---|---|---|---|---|
| CIR | Toutes entreprises au réel | 30 % jusqu’à 100 M€ d’assiette, puis 5 % au-delà | 50 % | Aucun plafond de dépenses |
| CII | PME uniquement | 20 % de l’assiette | 60 % | 400 000 € par an |
Le taux du CII est un point à surveiller : il était de 30 % jusqu’en 2024 et a été abaissé à 20 % à compter des dépenses 2025. Au plafond de 400 000 euros, le crédit maximal en métropole est donc de 80 000 euros par an (20 % de 400 000). En Corse, le CII bénéficie de taux relevés (40 % pour les petites entreprises, 35 % pour les moyennes). Le CII a par ailleurs été prorogé jusqu’au 31 décembre 2027.
Exemple chiffré. Une PME parisienne engage 250 000 euros de salaires de chercheurs éligibles au CIR et 30 000 euros d’amortissements de matériel de laboratoire. Son assiette de fonctionnement forfaitaire est de 40 % de 250 000, soit 100 000 euros, plus 75 % de 30 000, soit 22 500 euros. L’assiette totale ressort à 250 000 + 30 000 + 100 000 + 22 500 = 402 500 euros. Le CIR s’élève à 30 % de ce montant, soit 120 750 euros. À taux d’avant réforme (43 % de forfait), l’assiette aurait été supérieure de 7 500 euros et le crédit de 2 250 euros de plus : la baisse du forfait n’est pas anecdotique sur les gros effectifs de recherche.
5. Le remboursement immédiat pour les PME
En principe, le crédit d’impôt s’impute d’abord sur l’impôt sur les sociétés ou sur le revenu de l’exercice. La fraction non imputée constitue une créance sur l’État, utilisable pour payer l’impôt des trois années suivantes, puis remboursée à l’issue de ce délai.
Certaines entreprises n’ont pas à attendre : elles obtiennent le remboursement immédiat de la fraction non imputée dès le dépôt de leur déclaration. C’est le cas notamment des PME au sens européen, des jeunes entreprises innovantes (JEI), des entreprises nouvelles sous conditions et des entreprises en difficulté. Pour une PME innovante qui n’est pas encore bénéficiaire, ce remboursement immédiat transforme le crédit d’impôt en véritable apport de trésorerie, souvent décisif dans les premières années.
- Déclaration — le CIR et le CII se déclarent sur l’imprimé 2069-A-SD, à joindre au relevé de solde d’impôt sur les sociétés ou à la déclaration de résultats.
- Créance — la créance de CIR peut aussi, pour les PME, être cédée ou nantie auprès d’un établissement bancaire pour financer la trésorerie avant remboursement.
6. Sous-traitance et agrément : les règles à respecter
Confier une partie des travaux à un prestataire est fréquent, mais l’éligibilité au CIR est conditionnée. Les dépenses de sous-traitance ne sont retenues que si le prestataire est agréé par le ministère de la Recherche, et dans la limite de plafonds légaux (globalement plafonnées et retenues pour une fraction du total des dépenses internes).
- Vérifiez l’agrément — demandez à votre sous-traitant la copie de son agrément CIR (ou CII) en cours de validité avant de lancer les travaux, et conservez-la.
- Organismes publics — les travaux confiés à des organismes de recherche publics suivent leurs propres règles, distinctes de celles des prestataires privés.
- Pas de cascade — une même dépense sous-traitée ne peut être valorisée à la fois par vous et par votre prestataire.
7. Sécuriser son crédit : la clé, c’est le dossier
Le CIR et le CII sont des dispositifs déclaratifs : vous les calculez vous-même, et l’administration peut contrôler jusqu’à trois ans après. En cas de contrôle, ce n’est pas votre bonne foi qui compte, mais la solidité de votre justification. Un dossier bâti après coup se voit tout de suite.
- Dossier justificatif technique — pour chaque projet, décrivez l’état de l’art, l’incertitude ou le verrou visé, la démarche expérimentale et les résultats. C’est la pièce maîtresse en cas de contrôle.
- Feuilles de temps — tenez un suivi du temps passé par chaque chercheur et technicien sur les travaux éligibles. Sans traçabilité des heures, l’assiette de personnel est fragile.
- Référentiel Frascati — appuyez votre qualification sur ses critères ; c’est la grille que l’expert mandaté par l’administration utilisera.
- Rescrit CIR ou CII — vous pouvez interroger l’administration ou le ministère de la Recherche, en amont ou en cours de projet, sur l’éligibilité de vos travaux. L’absence de réponse dans le délai légal (trois mois) vaut accord tacite et vous protège.
- Agrément des sous-traitants — conservez systématiquement la preuve de l’agrément de vos prestataires.
8. Articulation avec le statut JEI et le jeune docteur
Le CIR se combine avec le statut de jeune entreprise innovante (JEI), qui ouvre droit à des exonérations de cotisations sociales patronales sur les personnels de recherche et, sous conditions, à des allègements fiscaux. Une JEI cumule donc l’exonération sociale sur les salaires de ses chercheurs et le CIR calculé sur ces mêmes salaires : les deux dispositifs se renforcent. La loi de finances pour 2026 a prorogé le volet fiscal du statut JEI et l’a enrichi de variantes (jeune entreprise de croissance, jeune entreprise innovante à impact).
En revanche, le mécanisme historique du « jeune docteur » propre au CIR (doublement de la rémunération dans l’assiette et forfait de fonctionnement majoré pendant 24 mois après l’embauche d’un premier docteur) a été supprimé par la loi de finances pour 2025 et n’a pas été réintroduit pour 2026, malgré plusieurs demandes en ce sens. Si vous recrutez un docteur, le CIR reste ouvert, mais sans le bonus d’assiette d’autrefois : n’en tenez donc plus compte dans vos simulations 2026.
Une profession libérale de santé peut-elle bénéficier du CIR ?
Le CIR vise les activités industrielles, commerciales ou agricoles imposées au réel. Une activité libérale classique (soins, consultations) n’y ouvre pas droit. En revanche, une structure qui mène de véritables travaux de recherche, par exemple une société d’exercice développant un dispositif ou un protocole innovant, peut être concernée. C’est du cas par cas : parlons-en avant tout calcul.
Le CIR est-il vraiment sans plafond ?
Il n’y a pas de plafond de dépenses : vous pouvez déclarer 30 000 ou 30 millions d’euros d’assiette. Le seuil de 100 millions d’euros ne fait que ramener le taux de 30 % à 5 % au-delà. Le CII, lui, est bien plafonné à 400 000 euros de dépenses par an, soit 80 000 euros de crédit au maximum en métropole.
Puis-je encore compter mes frais de brevets dans le CIR en 2026 ?
Non. La loi de finances pour 2025 a exclu de l’assiette les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets, leurs amortissements, ainsi que les dépenses de veille technologique. Ces postes ne doivent plus figurer dans votre calcul pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025.
Quel est l’intérêt d’un rescrit ?
Le rescrit sécurise votre éligibilité avant le contrôle. Vous exposez votre projet à l’administration ou au ministère de la Recherche ; leur réponse (ou leur silence passé le délai légal, qui vaut accord) vous protège en cas de vérification ultérieure. C’est particulièrement recommandé pour un premier dossier ou un projet à la frontière de l’éligibilité.
Ma jeune entreprise déficitaire peut-elle toucher le crédit en cash ?
Oui. Les PME, les JEI et les entreprises nouvelles bénéficient du remboursement immédiat de la fraction de crédit non imputée sur l’impôt. Pour une start-up qui ne paie pas encore d’impôt, le CIR ou le CII se transforme donc en trésorerie versée par l’État après dépôt de la déclaration.
Combien de temps dois-je conserver mes justificatifs ?
Le droit de reprise de l’administration sur le CIR et le CII court jusqu’à trois ans après l’année de déclaration. Conservez le dossier technique, les feuilles de temps et les agréments de sous-traitants au moins pendant ce délai, idéalement au-delà, car le crédit peut faire l’objet d’un contrôle spécifique diligenté par un expert du ministère.
Vous menez des travaux qui pourraient ouvrir droit au CIR ou au CII ?
Chez Ascencia, nous qualifions vos projets au regard du référentiel Frascati, chiffrons votre assiette aux taux 2026, montons le dossier justificatif et sécurisons le tout, jusqu’au rescrit si nécessaire. Prenons rendez-vous pour estimer votre crédit et éviter les erreurs qui coûtent cher en cas de contrôle.